Introduction aux méthodes quantitatives avec

Chapitre 6: Introduction aux publications reproductibles avec quarto

Introduction

Note

  • Exercices associés à ce chapitre ici

Enjeux

  • Produire des études reproductibles en intégrant le code et le texte dans un même document
  • La génération complète de l’étude est contenue dans un unique projet
  • Limiter les risques d’erreurs dues aux gestes manuels
  • Gestion native de différents formats pour le document final (pdf, html, odt, etc.)

R Markdown

  • R Markdown est un package R qui permet de lier
    • Du texte au format Markdown
    • Du code R qui peut être exécuté et dont les sorties peuvent être intégrées au texte
  • Dissociation du fond et de la forme du document
  • Un document est compilé en deux étapes
    • knit : le package knitr transforme le texte et les sorties R en un document Markdown standard
    • convert : le logiciel pandoc transforme le document .md en un format de sortie standard (html, pdf, etc.)

Quarto

  • Quarto est le successeur de R Markdown
  • Quarto supporte différents moteurs de calcul (knitr, Jupyter, Observable..) ce qui le rend nativement multi-langage (R, Python, JavaScript..)
  • Le fonctionnement des deux systèmes reste très proche

Anatomie d’un document reproductible

Ressources supplémentaires

Introduction aux méthodes quantitatives avec , École Normale Supérieure (retour page principale)