Publications reproductibles avec et Quarto

Dérouler les slides ci-dessous ou cliquer ici pour afficher les slides en plein écran.

L’un des défis majeurs dans la recherche et l’analyse de données est la communication transparente et reproductible des résultats ainsi que la collaboration. Les publications reproductibles offrent une solution à ce défi en intégrant le code, les données et les analyses dans un format permettant à quiconque de connaître les traitements de données mis en oeuvre et de reproduire les résultats exacts à condition de disposer du même environnement.

Quarto, l’outil qui a succédé à R Markdown, permet de produire des documents texte en y intégrant nativement des morceaux de code R. Ceci permet de fluidifier le processus de rédaction d’une publication, en réduisant fortement le nombre de gestes manuels nécessaires pour inclure des graphiques ou du code dans un document : plutôt qu’avoir un code Stata ayant généré des sorties Excel/Calc intégrées dans un document Word ou transformées en table LaTeX, on dispose d’un unique document-source qui contient à la fois le texte et les codes qui produisent les sorties du document final.

Avec Quarto, nous allons pouvoir dissocier le fond de la forme. Cela nous permettra de nous concentrer sur le contenu prioritaire.

Un exemple de ce rapport mis en forme est disponible sur cette page.

Note

Ce TD est moins guidé qu’habituellement pour offrir de la liberté dans l’exploration pour obtenir un document.

1 Initialisation du document

Exercice 1: Création du fichier

1. Cliquer sur File > New file > Quarto document:
   • Donner un titre et un.e auteur.e au rapport
   • Choisir HTML comme format de sortie
   • Décocher la case Use visual markdown editor
2. Sauvegarder le fichier sous le nom report.qmd.
3. Dans le header du fichier, modifier les métadonnées de la publication (titre, auteur, date, etc.) en utilisant quelques unes des options de cette page.
4. Ecrire une première phrase dans le corps du document en utilisant un ou deux éléments de la syntaxe Markdown pour la mise en forme. Par exemple, mettre une partie du texte en gras.
5. Ajouter un titre de niveau 2 (deux #) pour créer une section A propos et proposer une ou deux phrases dedans
6. Compiler en cliquant sur le bouton Render:

Source: Hello Quarto! par Posit

Exercice 2: Insertion de sorties R

1. Choisir un des chapitres sur lesquels nous avons travaillé précédemment et pour lequel nous avons produit un graphique ou une carte. Reprendre les exemples de code de la correction (import de données et visualisations) et les introduire dans le document.

2. Compiler. S’il y a des erreurs, lire celles-ci et les corriger pour avoir un document reproductible.

3. Utiliser le package GT pour faire un beau tableau, par exemple un tableau de statistique descriptive (une moyenne par exemple).

Exercice 3: Du style !

Customiser la sortie pour avoir un document esthétique. Pour avoir un document plus esthétique, vous pouvez utiliser un modèle.

Note

Avec un Mac , certains caractères utiles sont plus complexes à mettre en oeuvre. Par exemple, | s’obtiendra avec le raccourci suivant: MAJ+option+L